A educação no município de São João do Arraial vem passando por diversas mudanças positivas ao longo dos últimos anos. São mudanças de caráter estrutural, conceitual e principalmente técnico, com vistas a obtenção de resultados positivos junto aos estudantes do município.
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As mudanças incrementadas pela atual gestão municipal da prefeita Vilma Lima (PT) e da secretária municipal de educação Rosa Maria Lima, já se começam a colher os primeiros resultados positivos depois de alguns anos de muito esforço e trabalho contínuo.
Em 2019 a educação de São João do Arraial cravou seu melhor índice na série histórica do IOEB (Índice de Oportunidades da Educação Brasileira), fincando a bandeira de 1º Lugar na Região dos Cocais, seguindo por excelentes resultados na OBMEP (Olimpíada Brasileira de Matemática), conquistando inclusive sua 1ª Medalha de bronze, e algumas menções honrosas.
E as conquistas na educação de São João do Arraial não param por aí. O ENEM (Exame Nacional do Ensino Médio) revelou vários estudantes com notas superiores a 800 pontos na redação, e pontuações muito boas no geral, possibilitando o ingresso de vários deles no ensino superior para universidades públicas ou com bolsas em faculdades particulares.
E mais recente conquista é o reconhecimento da União Nacional dos Dirigentes Municipais de Educação com o “Selo UNDIME”, que reúne municípios brasileiros, com bom desempenho, adimplência plena junto a UNDIME, participação na 1ª e 2ª avaliações UNDIME de Alfabetização, Índice de Defasagem do Município, Indicador de Desempenho e Indicador Geral.